Theo nguyên tắc quy định tại Điều 4 Pháp lệnh Pháp điển hệ thống quy phạm pháp luật, thì cơ quan thực hiện pháp điển đối với văn bản quy phạm pháp luật là cơ quan chủ trì soạn thảo hoặc ban hành. Trong trường hợp Thông tư liên tịch thì cơ quan chủ trì soạn thảo dự thảo Thông tư đó có trách nhiệm thực hiện pháp điển tất cả các quy phạm pháp luật trong Thông tư.
Tuy nhiên, cũng tại Điều 4 Pháp lệnh Pháp điển hệ thống quy phạm pháp luật có xác định nguyên tắc thứ hai là cơ quan thực hiện pháp điển đối với các quy phạm pháp luật điều chỉnh các quan hệ xã hội thuộc lĩnh vực do cơ quan mình quản lý. Do vậy, trong trường hợp pháp điển Thông tư liên tịch, nếu cơ quan chủ trì soạn thảo không thực hiện pháp điển toàn bộ các nội dung trong Thông tư đó thì các cơ quan có liên quan có thẩm quyền thực hiện pháp điển đối với các quy phạm pháp luật trong Thông tư điều chỉnh các quan hệ xã hội thuộc lĩnh vực do cơ quan mình quản lý.