Sau khi rà soát văn bản để phục vụ công tác pháp điển theo quy định hoặc trong quá trình thực hiện pháp điển, cơ quan thực hiện pháp điển phát hiện có nội dung mâu thuẫn, chồng chéo hoặc không còn phù hợp với thực tế thì việc xử lý nội dung này được thực hiện theo quy định tại Điều 10 Nghị định số 63/2013/NĐ-CP. Cụ thể như sau:
- Trường hợp phát hiện có quy phạm pháp luật mâu thuẫn, chồng chéo hoặc không còn phù hợp với thực tế trong văn bản do mình ban hành hoặc trong văn bản liên tịch do mình chủ trì soạn thảo, thì cơ quan thực hiện pháp điển xử lý theo quy định của pháp luật về ban hành văn bản quy phạm pháp luật trước khi sắp xếp các quy phạm pháp luật vào đề mục.
- Trường hợp phát hiện có quy phạm pháp luật mâu thuẫn, chồng chéo hoặc không còn phù hợp với thực tế trong các văn bản không thuộc trường hợp nêu trên thì cơ quan thực hiện pháp điển vẫn tiến hành việc pháp điển, đồng thời kiến nghị cơ quan có thẩm quyền xử lý các quy phạm pháp luật mâu thuẫn, chồng chéo hoặc không còn phù hợp với thực tế theo quy định của pháp luật về ban hành văn bản quy phạm pháp luật.